Profilage épigénomique, une nouvelle méthode pour dépister le cancer

Les tests d’ADN tumoral circulant (ctDNA) sont actuellement très utilisés pour orienter les décisions cliniques en oncologie. Cependant ces testes présentent une capacité limitée à identifier les programmes de transcription qui régissent les phénotypes du cancer et leurs évolutions dynamiques au cours de la maladie.

Pour remédier à ces limitations et pour mieux comprendre la nature individuelle du cancer, une nouvelle étude publié dans « Nature Medicine » en octobre 2023 a mis au point une méthode de profilage épigénomique complet du cancer à partir du plasma de patient.

En utilisant une approche basée sur l’immunoprécipitation ciblant les modifications des histones et la méthylation de l’ADN, cette étude a mesuré 1 268 profils épigénomiques dans le plasma de 433 personnes atteintes de l’un des 15 types de cancer.

Les tests ce cette étude ont fourni une approximation solide de l’activité transcriptionnelle. Les résultats ont permis d’inférer les niveaux d’expression des marqueurs diagnostiques et des cibles thérapeutiques, de mesurer l’activité des facteurs de transcription pouvant être ciblés thérapeutiquement, et de détecter les mécanismes épigénétiques de résistance. Cette étude de preuve de concept menée sur des cancers avancés montre comment le profilage épigénomique par biopsie liquide a le potentiel de révéler des informations cliniquement exploitables qui ne sont actuellement accessibles qu’au moyen d’un prélèvement direct de tissu.